Inkvizice je tajemná a hrozivá feudální instituce opředená velkým množstvím legend a pověstí. Vznikla krátce po Horově zradě a je pravdou, že za tisíce let své existence nenechala nikoho na pochybách o svých nevybíravých praktikách. Inkvizitoři mají své agenty po celé říši a ve všech sociálních vrstvách. Nic neunikne pátravým očím inkvizitorů a jejich agentů. Mají k dispozici, stejně jako Adeptus Astartes, to nejlepší vybavení a nevyčerpatelné zdroje. Inkvizitor může mávnutím ruky odsoudit celou planetu k exterminaci, dojde-li k názoru, že už nic nedokáže její hříšné obyvatele vytrhnout z osidel hříchu bohů Chaosu. Inkvizice dokonce může prohlásit celou kapitulu Adeptus Astartes za kacířskou a vymazat ji ze záznamu svatých služebníků. Nicméně nejmocnější organizace má i nejstrašnější tajemství.
Inkvizice se dělí na tři hlavní řády:
Ordo Hereticus - je největší z těchto tří řádů. Jeho inkvizitoři přesně znají Císařský kánon a jsou fanatickými služebníky Boha Císaře. Když náhodou vyvstanou pochybnosti s výkladem zákonů, nechají se vést svou vírou. Jejich hlavním úkolem je vyhledávat a ničit nepřítele uvnitř Impéria. Pátrají po čarodějnicích a tajných kultech. Pracují v utajení, nicméně často jsou díky svým činům dobře známi. Proto mívají armády agentů a špehů. Ve všech obyvatelích říše budí respekt i strach, a to i mezi šlechtou.
Ordo Maleus - řád kladiva, nejlegendárnější z řádů, tvoří jej totiž zabijáci démonů. Tito inkvizitoři bojují s tou největší hrozbou, které lidé čelí, se samotnými démony Chaosu. Porazit démona je hrdinský čin a někteří z nich to už dokázali několikrát. Studují zakázané knihy a hledají vědomosti potřebné k boji s démony. Často spolupracují s tajemnou kapitulou Šedých Rytířů. Jejich suity nebývají moc velké, za to jsou to vesměs skvělí válečníci. Tento řád není moc velký i díky tomu, že porazit démona opravdu není lehké.
Ordo Xenos - bojovníci s cizáckou špínou, úkolem tohoto řádu je vyhledávat a ničit cizáky či jejich komploty proti Říši. Opět jde spíše o boj uvnitř říše neboť za hranicemi se o nepřítele postará imperiální garda a vesmírní mariňáci. Jejich největším nepřítelem jsou tyranidé, kteří dokáží infikovat celá města, ale vymýtit se musí každá známka cizácké přítomnosti. Nepříjemný je i vliv zákeřné filozofie Tau nebo bláznivé věštby úlisných eldarů. Nicméně, díky studiu cizáků, jejich technologií a filozofií, patří členové Ordo Xenos k nejvzdělanějším.
Krom řádů lze v organizaci Inkvizice sledovat i takzvané konklávy a kabaly. Konklávy jsou lokální sdružení inkvizitorů, například Calixiská konkláva (sektor Calixis je na severozápadě galaxie, za Okem Teroru). Ale zpět ke konklávám, těm v daném místě předsedá nejvyšší lord ikvizitor. Konkláva disponuje vlastními zdroji, většinou podle velikosti sektoru. Skupinka několika obydlených planet například bude mít čtyři inkvizitory s několika sty vojáky, úředníky a agenty. Naproti tomu Ultramar čítá několik set inkvizitorů s desetitisícihlavým personálem. Inkvizitoři v konklávách patří ke všem třem řádům. Většinou má každý svou vlastní agendu a suitu spolupracovníků, nicméně jsou inkvizitoři, kteří pracují samostatně. Často mezi sebou spolupracují, ale ani rivalita různého rozsahu není zrovna výjimečná.
V rámci konkláv vznikají kabaly. Ty sdružují inkvizitory spojené určitým cílem, jako může být vyšetřování určitého případu nebo ověřování různých podezřelých proroctví a tak dále. Přesné hranice v rozdělení a vlivu nejsou nijak ostré. Všichni inkvizitoři v kabale jsou současně i členy konklávy. Kabale velí lord inkvizitor, on je v podstatě hlavním vyšetřovatelem v řešeném případu a ostatní dobrovolně přijímají jeho autoritu. Členství v kabale není podmínkou. Jsou tak i inkvizitoři, kteří nejsou členy žádné kabaly. Kabaly čerpají své zdroje z konkláv, často však vznikají spory o jejich důležitost mezi jejich jednotlivými vůdci.
Inkvizitoři se rozdělují na dva, dalo by se říct, názorové proudy, a to puritány a radikály. Jde o jakési vnitřní rozdělení, které si určují sami inkvizitoři, nejde o žádné úředně oficiální dělení.
První jsou Puritáni. Jsou to inkvizitoři, kteří z celého srdce následují Císařovo světlo a praktikují pevné a dogmatické právo Adeptus Ministorum. Nejvíce mezi nimi převládá názor, že Císař je ochránce lidstva a Impérium bylo stvořeno k obrazu jeho a jako takové má zůstat a být bráněno. Puritáni bývají mladší inkvizitoři (ale to není pravidlo), jenž pronásledují a ničí všechny sebemenší známky hereze, kacířství a mutací. Psykery tolerují jen s největším sebezapřením. A když má některý z inkvizitorů psyonické nadání, většinou to tají. Nejsou ochotni používat žádné cizácké a warpem pošpiněné zbraně či technologie. Někteří z nich mají dokonce i problémy s tolerancí Adeptus Astartes. Nicméně ani zde není nic úplně jednoduché a co puritán, to trochu jiný názor. Existují názorové frakce i uvnitř tohoto směru, a to: Thoriané, Amalathiané a Monodominité.
Druzí jsou Radikálové. Jsou to inkvizitoři, kteří zastávají názor, že účel světí prostředky. Nejčastěji věří, že Impérium je v úpadku a jediné co jej může zachránit, je posílení skrze boj. Neobvyklý není ani názor, že Císař je mrtev. Bývají to starší inkvizitoři, kteří se setkali se silou Chaosu a uvědomili si slabost lidské vůle. Nezanedbatelný není ani vliv temných sil, kterému neustále čelí. Jsou ochotni k boji proti bohům Chaosu využít i jejich vlastní zbraně (nebo cizácké zbraně proti cizákům). Bývají přesvědčeni, že Chaos není zlo stejně tak, jako že zákon neznamená vždy dobro. Bývají to mocní psykeři. A velice často jsou to osamocení lovci, kteří jen se svou suitou putují po galaxii a vyhledávají temnotu, neboť puritáni v nich vidí heretiky, kteří propadli mocnostem Chaosu (a možná nejsou daleko od pravdy). I zde je několik frakcí: Xanthité, Rekongregátoři a Isstvaniané.
Thoriané
Názorově se vytříbili po Věku Odpadlictví, věří že se Císař ztělesňuje v srdcích a myslích čistých věřících. Své jméno odvozují od velkého proroka Sebastiana Thora, který v temných časech ukazoval směr, kterým se musí Impérium vydat, aby se dostalo z područí zkázy a korupce. Jeho odhodlání a následující úspěch byl pro jeho následovníky (což byli první Thoriané) důkaz k víře, že se stali svědky vtělení Císaře. Tyto postoje vedly k několika názorovým střetům s Ministorem. Tyto rozkoly, ale po staletích trvání ochladly, až do dnes, kdy v podstatě Ministorum postoj Inkvizice schvaluje.
Thoriané se díky svým postojům stali jednou z největších frakcí Inkvizice. Tvrdě hájí zaběhlá dogmata, nicméně vědí, že jistá dávka tolerance a soucitu dokáže být také dobrou zbraní k hledání informací a spojenců. Thorianští inkvizitoři stále hledají důkazy dalších možných převtělení Císaře, a to hlavně v současnosti, kdy se neustále snaží monitorovat všechny velké skutky i neznámých následovníku Císaře (to znamená všech věřících). Do jaké míry je jejich snaha racionální, nám soudit nenáleží.
Amalathiané
Amalathiané patří bezi nejstarší frakce Inkvizice, své jméno odvozují od hory Amalath na planetě Gathalamor v Segmentum Solar - jde o planetu s pohnutou ecclesiarchiální historií. Na hoře Amalath byla zformována konzervativní puritánská filozofie. Věří, že Impérium je výtvor Císaře a on jediný zná a v podstatě naplánoval její budoucnost. Snaží se tedy udržet statut quo. Amalathiané mají největší vliv v imperiálních organizacích, a to zejména v Adeptus Arbites. Díky svému postoji se těší i největší oblibě mezi šlechtou. S tolerancí jsou na tom podstatně hůře než Thoriané, jelikož netolerují nic s výjimkou psykerů a navigátorů nutně potřebných k chodu Impéria. Občas je některý z inkvizitorů nadaný psyonickými dovednostmi, ale většinou to tají. Amalathiané také mívají největší suity a velice často využívají námořnictvo a gardu.
Monodominité
Monodominité jsou nejčistší a jak věří, nejstarší frakcí v inkvizici. Frakce pravděpodobně vznikla krátce po stvoření Inkvizice, ve chvíli kdy se mezi inkvizitory začínaly vytvářet názorové rozdíly. První důkazy o této frakci jsou tak už z 33. milénia. Monodominité jsou striktně puritánští, podle nich se musí galaxie očistit od všeho nelidského, aby se lidstvo dál mohlo vyvíjet. Nikdy neustupují ze svých cílů a požadavků, svou tvrdohlavostí předčí i kapituly Adeptus Astartes. Ostatně, ty považují za nelidské a jsou ochotni tolerovat jen ty nejčistší, a to jen protože je stvořil Císař. Někteří dokonce prohlásili některé kapituly za kacířské jen kvůli jejich vzhledu nebo rituálům nedodržujícím Codex Imperialis (například Hvězdné Clky či Krvavé Anděly, kteří proti několika fanatickým inkvizitorům už bojovali). Jsou ochotni nařídit exterminaci planety za skutky, na které by Thoriané ani nepřivolávali posily.
Často pronásledují své kolegy (a někdy právem) nejen z radikálních frakcí, ale i tolerantnější puritány. S velkou nelibostí přihlížejí existenci navigátorských rodů a astropathů a jediné co jim nedovolí je začít pronásledovat, je jejich důležitost, ale běda jestli někdo z psykerů učiní sebemenší chybu. Snaží se zničit každého psykera, kterého potkají, což není vůbec jednoduché, neboť ti jsou schváleni a samotní jejich kolegové mají psykerské dovednosti. Dochází tak k zajímavým výměnám názorů a akcím, kdy se monodominité snaží najít sebemenší pochybení jejich cíle. Tato frakce v podstatě nemá žádná velká tajemství, její stoupenci v podstatě prosazují, co hlásají (i když výjimky se najdou). Projeví-li se u některého z nich psyonické schopnosti stává se postižený flagelantem a odchází se kát do boje s nepřáteli Impéria.
Xanthité
Jsou velice silnou, hlavně ve smyslu počtu inkvizitorů, radikální frakcí, ve které jinak všichni pracují individuálně. Jejich jméno je odvozeno od inkvizitora Zarancheka Xanthuse, což byla mocná postava známá svým věděním o warpu a schopností toto vědění náležitě využít. Byl prohlášen za kacíře a popraven ve 32. miléniu. Přístup Xanthianů vychází z víry, že Chaos je zrcadlo lidstva a jeho tužeb, choutek a emocí. Proto se správným věděním se dá Chaos využít k boji proti sobě samému. V podstatě se tedy musí využít k boji nebo lidstvo zničí. Xanthitou se lidé stávají většinou až po delším boji proti silám Chaosu, když pochopí jeho pravou podstatu (nebo si to alespoň myslí).
Xanthité kontrolují jen velice malá území oproti svým puritánským kolegům. Pohybují se na ostří nože po konklávě a jen zřídka se přidají k nějakému řádu či kabale. Všude kde není Císařovo světlo jasné se dá najít některý z Xanthitů hledající hříšníky. Zejména pak v Inkvizici samotné, ale i dalších říšských úřadech. Vybaveni zakázaným věděním, jsou připraveni kdekoliv zasáhnout proti Chaosu a navzdory běžné představě o jejich korupci, jsou to právě oni, kdo bojují nejtvrději se zrádnými silami. Fanaticky hledají padlé inkvizitory a jejich akolyty, zejména proto aby se dozvěděli, kde tito nešťastníci učinili chybu a oni sami se jí tak mohli vyvarovat.
Většinou mají i nejpřesnější informace o hrozbách, které se v Impériu vyskytují.Xanthité mají jen malý počet svých přímých služebníků a ponejvíce pracují jen jako mistr a žák. Nezřídka jsou prohlášeni za kacíře a pronásledováni svými kolegy (občas i oprávněně). Často využívají kontaktů v podsvětí a s cizáky. Jak už bylo řečeno, nebojí se v boji proti Chaosu využít žádné jeho zbraně ani démona-hostitele.
Rekongregátoři
Tato frakce věří, že jen pomocí různých změn má Impérium naději na rozvoj a prosperitu a že největším nepřítelem lidstva je stagnace. Pracují tiše a skryti na získávání různých vlivných kontaktů a na plánech vedoucích ke změnám a rozvoji. Jelikož je to velice citlivá politická hra, zůstávají na rozdíl od ostatních frakcí co nejdéle ukryti, a to i ve chvílích, kdy ostatní už jdou do otevřeného konfliktu.Jejich postoj je přesně pravým opakem Amalathianů, kteří jsou jejich největší oponenti. V mnoha částech Impéria tak dochází ke skrytým politickým i krvavým bojům mezi oběma těmito frakcemi.
Příkladem mohou být feudální světy, kde Amalanthiané podporují vládce a hledají v každé (často progresivní) rebelii známky Chaosu. Narozdíl od Rekongregátorů, kteří tyto rebelie podporují jak materiálně tak především ideologicky a pátrají po známkách Chaosu mezi šlechtou (opět často konzervativní a zpátečnickou). Jak se zdá, tak rekongregátorští inkvizitoři pracují ve větších týmech a využívají všechny možné kontakty a prostředky (jako správní radikálové). Ke svému názoru, stejně jako Xanthité, dospívají během letité služby v Inkvizici.
Isstvaniané
Jsou nejradikálnější frakcí. Své jméno odvozují od zákeřné a děsivé akce a to bombardování Isstvanu III, které to odhalila Horovu zradu a stála na počátku největší občanské války v dějinách lidstva. Isstvaniané věří, že jediná cesta k rozvoji Impéria vede skrz konflikty a války. Že mír přináší jen stagnaci a úpadek. Všude tam, kde se rozhoří plameny války, se dá najít nějaký Isstvanian, který je přiživuje. A vládne-li někde delší dobu mír, můžete si být jistí, že tam už je isstvaninský inkvizitor, který pracuje na jeho ukončení. Největší vliv mají v mladších hvězdných systémech, kde se ještě plně nerozjela mašinerie úředníků Administratum a je zde i velká možnost setkání s pašeráky, kulty Chaosu a cizáky. Isstvaniané se je všechny snaží poštvat proti sobě tak, aby poté mohli být převálcováni imperiální armádou. Nicméně i v tisíciletých koutech Impéria dělají všechno proto, aby mohly promluvit zbraně. V utajení pracují jen do chvíle, než se rozhoří naplánovaný konflikt, a pak v hluku zbraní mizí. Zůstane po nich jen zoufalé pochopení účastníků jejich komplotu.
Často jsou pronásledováni svými kolegy a jak je snadné pochopit, ne jen ve chvíli kdy propadnou Chaosu. Členové této frakce také rádi tajně vyhrocují konflikty mezi Amalathiany a Rekongregátory. Na svých úkolem nejčastěji pracují sami nebo jen s několika věrnými následovníky, ale málokdy učedníky. Mezi jejich suitou jsou nezřídka i členové různých kriminálních organizací, kultů a není neobvyklé po jejich boku potkat mutanty. Isstvaniané, jako všichni radikálové, se k tomuto přesvědčení dostávají většinou po letech služby. Mají největší znalosti o mafiích a kultech. Bývají to také nejschopnější psykeři.
