Velká křížová výprava (začínající v M30 a pokračující po další zhruba dvě stovky let) byla krátkým věkem znovubudování a reunifikace následujícím po úplného úpadku lidstva během Věku sváru. Byl to čas, ve kterém Císař žil v obvyklém slova smyslu a osobně vedl svou rasu.
Počátek Velké křížové výpravy
Součástí Císařovy představy spojení lidstva byl projekt primarchů, který měl vytvořit dvacítku nadlidí, kteří by vedli Císařovy síly, aby získali jeho galaxii v jeho jméně. Následovalo vytvoření legií vesmírných mariňáků ze vzorků genoštěpu, které přežily rozptýlení primarchů bohy Chaosu. A právě síly legií měly hrát významnou roli ve Velké křížové výpravě.
Ústup warpových bouří sužujících většinu galaxie předznamenal konec Věku sváru. Se znovu providitelným cestováním warpem, byl Císař schopen zahájit Velkou křížovou výpravu, která stvořila Impérium.
Ještě předtím, než warpové bouře a Věk sváru skončily, zahájil Císař přípravu plánů na Velkou křížovou výpravu. Tyto plány mimo jiné zahrnovaly vytvoření mnohem pokročilejších modelů silových zbrojí určených pro podmínky hlubokého vesmíru a cizáckých světů.
Po dobytí Luny a poté i Marsu zahájil Císař velký stavební projekt, rekonstrukci průmyslových a výrobních továren, které potřeboval k vybudování a udržování své budoucí obrovské vesmírné flotily, dost velké na to, aby mohla nést jeho legie všemi směry do galaxie. Mars se, díky své pokročilé technologické a výrobní infrastruktuře, stal centrem tohoto vývoje a výroby lodí, stejně jako zbraní a zbrojí, kterými byli vybaveni Císařovi válečníci. Saturn, Neptun a Jupiter padly do Císařových rukou jako další, jejich obyvatelé osvobozeni od krutých cizáckých vládců. Nakonec imperiální válečná flotila vyrazila i za hranice Sluneční soustavy poté, co zcela zničila "falešný svět" Sedna.
Do vesmíru
S nově vybudovanou flotilou se Císař vrhl do hlubin vesmíru, hledaje své primarchy a rozšiřujíce Impérium. Během následujících let postupně znovu objevil své primarchy a postupně sjednotil lidstvo pod Pax Imperialis. Svět po světu padal do rukou Císařových sil, ze začátku Legio Astartes, ale později taktéž imperiální armády, Collegia Titanica a ostatních. Tyrani a falešní vládci tisíců světů byli svrřeni imperiálními silami, které dekretem samotného Císaře rychle vynucovaly zákaz falešných náboženství a dogmat.
Orkové, eldaři, Hrud, Slaugth, hrůzná warpová stvoření a mnohé další méně významné cizácké rasy byly buď zcela zničeny nebo odraženy zdánlivě nezastavitelnou dobyvačnou záplavou. A světy, jejichž lidské populace byly příliš zkorumpované a zmutované, byly z orbitu exterminovány.
Jak byli jednotliví primarchové nalézáni, byla jim darována kontrola nad jejich vlastní legií vesmírných mariňáků vytvořenou z jejich genoštěpu. Ovšem jak se Impérium rozrůstalo, Císařovy síly byly čím dál více rozptýlené a méně koncentrované v jednotlivých bitvách. Nakonec byla potřeba vesmírných mariňáků větší, než jejich možnosti. V té chvíli bylo třeba zrychleného genetického kultivování pro rozšíření řad legií. Naneštěstí byl tento proces nestabilní a vedl k vadám v genoštěpu legií. To vyústilo v takových prokletích, jako byl třeba Černý vztek a všemožné mutace genoštěpu Hvězdných Vlků.
Konec Velké křížové výpravy
Velká křížová výprava se táhla po zhruba dvě stě let. Na jejím konci přišlo období politické konsolidace. Legie v té době byly rozptýleny po celé galaxii, mnoho z nich fungovalo jako posádkové síly spíše než operační armády. Legie, které neustále bojovaly, zvláště pak Železní Válečníci, zápasily s monotónností obléhacího válečnictví a posádkových povinností. Rovněž dřívější přátelská rivalita primarchů se začala rozvíjet do nebezpečného zápolení.
Někteří z primarchů se dostali až do bodu, kdy s některými dalšími nemohli vydržet, jiní, jako Magnus Rudý, byli jednoduše ve zmatku Velké křížové výpravy izolováni. Perturabovi se díky jeho roli ve Velké křížové výpravě většinou vyhýbali a on sám naopak záviděl Rogalu Dornovi. I Konrad Curze měl s Dornem neshody, které eskalovaly v brutálním překvapivém útoku, po kterém zůstal Dorn těžce zraněn a v bezvědomí. Tato nedůvěra a nenávist byla jedním z počátků Horovy Hereze.
Věk Velké křížové výpravy skončil virovým bombardováním Isstvanu III. Loajalistické legie byly povolány k Teře, aby ji bránily proti zrádnému Vojevůdci Horovi, ovšem ne všechny legie se byly schopny vrátit. Ultramariňáci byli zakopáni v systému Ultramar v boji proti Kor Phaeronovi a jeho oddílům Nositelů Slova, kteří přišli, aby je zničili. Hvězdní Vlci končili svou bitvu na Prosperu proti nyní otevřeně zrádným Tisícům Synů a Temní Andělé byli rozděleni válkou sami mezi sebou.
S koncem Hereze byl Císař v podstatě pryč a Impérium náhle zjistilo, že je bez vedení Strážce lidstva. Krátký věk obnovení, který představovala Velká křížová výprava, byl u konce, a lidstvo začalo upadat do stavu, ve kterém je dnes, se strachem a chaosem hluboko zakořeněným, inkvizitory hledajícími kacířství v každém koutku a biliardami lidí donucených nebo dobrovolně vstupujících v otroctví svého Boha-Císaře.
Významné bitvy a tažení Velké křížové výpravy
První pacifikace Luny - první velká bitva Velké křížové výpravy
Bitva o Keylek - Lunární Vlci vyvraždili keylekidy
Bitva o Šedesát-tři devatenáct - Horus přivedl světy Šedesát-tři devatenáct do náruče Impéria
Bitva o Gyros-Thravian - Císař, Rogal Dorn, Mortarion a Horus porazili jednoho z nejmocnějších orčích válečných bossů v zaznamenané historii, Gharkula Černotesáka
Dobytí Galasparu - Stráž Smrti dobyla svět Galaspar
Vyčištění Laeranu - Císařovy Děti vyhladily Laer
Golgothanský masakr - Požírači Světů bojovali s Bratrstvem zániku a orky na Sarumu
Ullanorská křížová výprava - Horus porazil říši orčího válečného bosse Urlakka Urga
Bitva o 47-16 - Požírači Světů vyplenili svět 47-16
Interexský konflikt - Horus napadl pokročilou lidskou civilizaci Interex
