Exterminatus je nestrašlivějším rozsudkem, který může Inkvizice nad jakoukoli planetou vynést. Když nákaza Chaosu zakoření v populaci a zdá se příliš hlubokou, než aby mohla být vypálena, je obyvatelstvo do posledního muže, ženy i dítěte popraveno, aby bylo zabráněno kontaminaci zbytku Impéria. Exterminatus je obyčejně považován za nejkrajnější řešení, užívané jen pokud je cena za udržení nebo znovuzískání světa příliš vysoká či je riziko mutace, hereze nebo cizácké kontaminace natolik nadprůměrné, že jej nelze zdolat běžnými způsoby. Přesto je Exterminatus nařízen u cenných a obyvatelných planet Impéria jen velmi vzácně. Tento rozkaz ale může vydat jakýkoli inkvizitor, který tak spouští proces, který může být proveden několika různými způsoby:
Virové bomby
Virové bomby jsou účinnými prostředky masového ničení a byly obvykle používány při Exterminatu v časech před Herezí. Dnes jejich roli obvykle přejaly cyklonová torpéda, nicméně virové bomby stále zůtávají v některých imperiálních arsenálech.
Zbraně tohoto typu obsahují virus schopný zničit veškerý život v celé oblasti a pokud je jich na planetu svrženo několik, mohou ji absolutně oprostit od života. Jsou využívány jen v těch nejzoufalejších situacích, jelikož virus zničí vše, i možnou pracovní sílu.
Cyklonové torpédo
Tato torpéda jsou hlavní zbraní používanou v současnosti v rámci Exterminatu. Jsou obvykle vypuštěny imperiálními loděmi speciálně určenými pro tento úkol. Cyklonová torpéda jsou navržena, aby prorazila vnější obal planety a explodovala nedaleko jejího jádra. Tento výbuch je dostatečně silný, aby vyvolal nestabilitu celé planety a roztrhal ji na kusy. To je ale i největší nevýhodou této metody neboť takto zničený svět už nikdy nebude pro život vhodný.
Torpédo spalující atmosféru
Tato zbraň vstupuje do atmosféry z orbitu a po svém zásahu zažehuje kyslík ve vzduchu. To zapříčiní kaskádu planetárních ohnivých bouří, které zničí všechen život na planetě a udělají z ní pouhou skálu bez života.
